Βιοπληροφορική
Γενικά
- Κωδικός: TΑBO-45-Δ5
- Εξάμηνο: 4ο
- Επίπεδο Σπουδών: Προπτυχιακό
- Τύπος μαθήματος: Ειδικού υποβάθρου
- Γλώσσα διδασκαλίας και εξετάσεων: Ελληνικά
- Μέθοδοι Διδασκαλίας (Ώρες/εβδ.): Διαλέξεις (3)
- Μονάδες ECTS: 5
- Σελίδα μαθήματος: https://eclass.emt.ihu.gr/courses/FD335/
- Διδάσκοντες: Λαμπάκης Δημήτριος
Περιεχόμενα μαθήματος
- Ο αλγόριθμος Fasta.
- O αλγόριθμος Blast.
- Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences.
- Protein motifs.
- Phylogenetic trees.
- Prediction of protein secondary structures.
- Promoter finding.
- The Needleman algorithm.
- Position-specific scoring matrices.
- PAM and Blosum Tables.
- Predicting protein 3D structures.
- Predicting RNA secondary structures.
- Finding enzyme active site animoacids and hydrophobic regions.
Μαθησιακοί Στόχοι
Αποσκοπεί στην εκμάθηση των εφαρμογών και μεθόδων εξαγωγής πληροφοριών πού αφορούν το γενετικό υλικό και τις πρωτεϊνες, από βάσεις δεδομένων.
Γενικές Ικανότητες
- Αυτόνομη εργασία.
- Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών.
- Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών.
Μέθοδοι Διδασκαλίας
- Πρόσωπο με πρόσωπο.
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
- Χρήση Τ.Π.Ε. τόσο στις παραδόσεις των μαθημάτων όσο και στην εργαστηριακή εκπαίδευση με στόχο την πρόκληση διαλόγου με τους φοιτητές και την ανάπτυξη της κριτικής σκέψης τους.
- Υποστήριξη μαθησιακής διαδικασίας μέσω της ηλεκτρονικής πλατφόρμας e‐class.
Οργάνωση Διδασκαλίας
| Δραστηριότητα | Φόρτος εργασίας εξαμήνου |
| Διαλέξεις | 39 |
| Ασκήσεις | 70 |
| Μη καθοδηγούμενη μελέτη | 16 |
| Σύνολο | 125 |
Αξιολόγηση Φοιτητών
Οι μέθοδοι αξιολόγησης είναι:
- Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης,
- Ερωτήσεις Ανάπτυξης,
- Επίλυση Προβλημάτων,
- Γραπτή Εργασία.
Το μάθημα στοχεύει στην απόκτηση βασικών γνώσεων Βιοπληροφορικής, καθώς και δεξιοτήτων λογισμικού.
Κριτήρια αξιολόγησης
- Μελέτη και κατανόηση ειδικών θεμάτων της Βιοπληροφορικής, που σχετίζονται με το επιστημονικό πεδίο της Αγροτικής Βιοτεχνολογίας και Οινολογίας,
- Χειρισμός δεδομένων στον υπολογιστή και κατανόηση των αλγορίθμων που αποτελούν τη βάση των εργαλείων ανάλυσης.
Αναφέρονται ρητά προσδιορισμένα κριτήρια αξιολόγησης και είναι προσβάσιμα από τους φοιτητές, μέσω του e-class.
Συνιστώμενη Βιβλιογραφία
- [86054818]: Bioinformatics & Functional Genomics, Jonathan Pevsner.
- [94702956]: Introduction to Bioinformatics, ARTHUR M. LESK.
- [59380291]: Introduction to Genomics, Arthur M. Lesk.
- [13256855]: Bioinformatics-Computer Applications in Health Care and Biomedicine, Cimino J., Shortlife.
- Book: Bioinformatics. ISBN: 978-1-119-33558-0 Andreas D. Baxevanis (Editor), Gary D. Bader (Editor), David S. Wishart (Editor), 2020. Willey.